Реестр накладных - да, там перемещения могут отображаться только как расходы и приходы. Насколько я помню, связано это с тем, что не понятно как их отображать отдельно. Скажем есть у вас приходное и расходное перемещение (с точки зрения конкретного МХ) - их просто двумя строчками вывести? И будут просто два перемещения и абсолютно не будет видно, что они вообще-то в противоположные стороны.
Сводный товарный отчет - сложно судить, но могу предположить что часть вашего большого перемещения упала в неустановку. Поставьте в отчете галочку "неустановленная себестоимость" и увидите, прав я или нет.