Недовыгрузить вряд ли может, если вы конечно проверяете каждый день все смены и сверяете суммы зет отчетов. если суммы отчетов верны с сете и в 1С, то все в порядке. в кристалле посмотреть можно все, начиная от номера чека, заканчивая шк товаров. у меня не давно была схожая проблема. пробиваешь на кассе 1 товар а выходит наименование и код товара по другому, соответственно в продажи падают уже другие данные и все будет коряво. кассиры могут иногда не замечать такие расхождения и отпускают покупателей. Проблему решил только полной прогрузкой всех товаров на кассы заново. чтобы не грузить тысячи товаров целую неделю, сделал так:
1) выбрал 1 кассу (нужно выбрать тот день когда нет никаких переоценок и редактирование скидок и т.п.)
2) поставил галочки чтобы не грузить данные в настройка касс, кроме той кассы которую выбрал
3) заменил на кассе файлы на новые: goods.btr, barcodes.btr, price.btr
4) стал вручную грузить все товары потихоньку на эту кассу, например по 3-5 тыщ товаров, чтобы 1с вообще не завис))
5) после всей прогрузки, сет мониторингом смотрите кол-во товаров на кассе и сверяетесь с кол-вом с базой,
если кол-во все совпадает с кол-вом загруженных товаров на этой кассе, то скачиваете те файлы с выбранной кассы, и заменяете такие же файлы в остальных кассах. не забудьте сделать сперва бэкап изначальных файлов, на всякий случай.