Про инвентаризационную ведомость забудьте.
Вечером, после закрытия касс (появления кассовых документов в Супермаге), идете и сами считаете тот товар, по которому есть претензии (сначала один артикул, самый денежный по собакам). Например, 5 штук. Сравниваете с остатком в системе (закладка в карточке). Например, 11 штук. Сравниваете разницу (6 штук) с тем, что вам предъявляют. Если она в претензии больше 6 штук, то это первый вопрос проверяющим.
Берете дату последней согласованного вами и руководством количества. Вбиваете ее на закладке Документы, как сказал Dim выше. Сама сличительная, как и инвентаризационная, ведомости, на остаток не влияют, приходы, расходы, продажи, возвраты - это основное, что влияет, смотрите колонку "влияние на остатки". Начинаться остатки должны с согласованной цифры или похожей на правду, если ту цифру не помните. Если по ходу просмотра видите остатки, которые никогда быть не могли по количеству - фиксируете дату и разбираете документы до этой даты.
Ну и сюда вопросы пишите.