С 1 января 2019 года запрещено формирование электронной подписи с помощью ключей ЭП ГОСТ Р 34.10-2001. Необходимо будет перейти на использование ключей ЭП ГОСТ Р 34.10-2012.
Как я понимаю, JaCarta в ЕГАИС работает по ГОСТу 2001 и их надо будет в любом случае поменять, хотя они к тому времени и так сдохнут, судя по этой теме: https://olegon.ru/showthread.php?t=27405