Ну, тут два варианта. Или ей, "на том конце" попробовать перезапросить ТТН, так, как в егаисе она уже есть, а в УТМ она удалена по сроку хранения. Но, могут быть нарушения сроков фиксации, с технической точки зрения - это не проблема, а с правовой... Ну, х.з... Или второй вариант - Вам отозвать свою ТТН, она распроведется в егаис, и остатки вернутся. После чего, сделать ее заново. Второй вариант более правильный.
Но, как технически это делать - я х.з., как это реализовано в программе, в которой Вы работаете, мне отсюда не видно. У меня, в моей самописке под 1С7.7, для этого достаточно одну кнопку нажать, и отправляется акт "WayBillAct_v3" на свою возвратную ТТН. По сути, это такой-же акт, как отказ ТТН поставщика, только на свою ТТН.