Ну вариантов то пока нет.
Или контракта нет совсем, или править заказы и приходы.
1.028.1 тоже, по-моему не вариант.
Она, во-первых, еще не вышла. Во-вторых, скорее всего про заказчиков там тоже не подумали.
Можно попробовать в одной из баз менять заказчика после того, как контракт туда дошел, и не рассылать назад в ЦО. Но как бы потом проблем с рассылкой документов не было - надо экспериментировать.