Структура сайта- 1/2/3/4/ или 1/2...22222) : Создание сайтов и поисковая оптимизация (SEO)

Вам нужно почитать литературу по этой тематике или отдать на глаза специалисту. Слишком индивидуальные вопросы задаете, это нужно смотреть сайт, анализировать.

Сейчас у меня все на втором уровне. Я хочу часть информации убрать на 3й и 4й уровни. Это скажется как то на позиции в поиске? Я не упаду?

Сначала точно упадешь. Любая переделка глобальная приведет к проседанию.
Потом, если на текущие есть ссылки, а на новые - нет, будешь долго не всплывать.
Потом, если все хорошо и товар нечастый - будет лучше, поскольку в URI будет полное имя товара. Если к тому времени все не поменяется. Эффект будет заметен через полгода в лучшем случае.

На те статьи, что я хочу убрать на 3,4 уровень вообще нет ссылок. А с них на важные статьи есть. А важные статьи я оставляю. Я всю эту переделку затеял с целью показать роботу, какие статьи важные, а какие нет.