А ну тогда реально неустановленная себестоимость и куча проблем, согласна.
На самом деле, как при наличии одного юр.лица, а нескольких - так вообще нет другого выхода, такие перемещения лучше делать парой расходная/приходная накладная. В этих документах вы проставляете заранее оговоренную цену товара (некая оптовая цена, например приход + 3%). Магазин-получатель приходует товар по этой цене. Магазин-отправитель реализует товар по этой цене. Разница - доход оптовой торговли. В случае, когда товар перемещается внутри одного юр.лица, это конечно не реализация, это скорее корректировка себестоимости. Тогда эту разницу можно отразить в бух.учете одной операцией корректировки себестоимости в конце месяца.