На всякий случай оставлю тут:
https://olegon.ru/showthread.php?t=34145
Я бы усомнился, что обрезка базы прошла, не помешав работе организации. В чем была проблема очистить ненужные документы и выкинуть МХ без обрезки базы, я не знаю...
Побочные эффекты обрезки, вы увидите позднее... Когда начнете аналитические отчеты сводить, увидите, что натворили "в пространстве и времени" и выловите все хвосты, без обид... Буду рад, если обойдется, но опыт показывает обратное.
Соответственно, это не журналы удалить МХ мешают, а порожденные записи. Например, вторая говорит, что не все документы по МХ удалены.