AGest,
Ну, во-первых, кроме 1С есть еще Axapta, Nav, SAP, OEBS, куча куда более мелких фреймворков, ну и не говоря уже про голые .NET и просто Delphi-PL/SQL, на которых относительно успешно делают custom-made решения (а в банках к примеру более высокоуровневых платформ так вообще как класса нетт) . Но в целом вы правы, вам во-первых нужно определиться, что вы хотите Ready-to-go или Custom-made.
Первое логично выбирать, если вы не считаете что IT является критически важной частью бизнеса и/или у вас не "инновационный" менеджмент / не высоко-конкурентный рынок. Второе, соответственно, логично выбирать во всех остальных случаях. Сейчас времена что "воткнул палку в землю, она проросла" закончились, поэтому на первый план выходит эффективность / клиенто-ориентированность, а значит platform-based решения сейчас более восстребованы (в том числе потому как новых игроков, основных потребителей Ready-to-go практически не осталось).
Во-вторых, если вы выбираете Custom made то вам важно определить, It-компетенция будет у вас in-house или outsource. Первая, если и имеет смысл, то в случае только лидеров рынка, в остальных случаях outsource логичнее. И в этом случае 1C даже Axapta проигрывает, потому как культуру проектных решений они не культивируют от слова ника - то есть они поощряют больше продажников чем IT-компании.
Ну, а касательно тех же супермага и джестори, я знаю пару относительно больших сетей в Беларуси, которые работают по модели in-house и каким-то волшебным образом умудряются кастомизировать эти решение. Понятно что это делается через одно место, но было бы желание :)